内毒素(endotoxin)也叫脂多糖(lipopolysaccharides)，是革兰氏阴性菌细胞壁的主要成分。内毒素既有非极性的带负电荷类脂A的大分子，还有一个亲水性的寡糖核，具有疏水和亲水双重性质。脂多糖与DNA或蛋白质的结合非常牢固，容易被共同纯化。制备质粒DNA和重组蛋白时，细菌破壁之后释放的大量脂多糖无论是离子交换、凝胶排阻过滤等一般程序还是氯化铯超速离心等高级制备程序都无法去除干净。脂多糖具有强烈的免疫活性和细胞毒性并产生复杂的细胞生物学效应，因此大多数情况下会明显干扰并产生不可预测的实验结果，如在DNA转染实验中，内毒素竞争性干扰转染试剂与DNA的结合，无论是对原代、传代细胞还是整体动物均具有显著的毒性作用，显著降低转染效率并降低外源基因表达水平。在特定pH、盐浓度、温度条件下，内毒素清除剂(Endotoxin Removal Solution)能与DNA、重组蛋白、以及其它样品中的内毒素特异结合并通过离心浓缩分布于下层有机相从而得以清除，一般经过3次重复抽提可将内毒素活性降低1,000~10,000倍。